控制台中海域之后，张宣并没有率军南下澎湖。第一分舰队只有几十艘战舰，除留下一部防守台北外，还派了十几艘监视大陆方向，以防宋军水军杀回马枪。兵力分散之后，第一分舰队在台中海域只有三十余艘战舰。这点数量即便前往澎湖，也不太可能改变战局，毕竟那边的宋军战船数量也极为庞大。张宣决定留在台中海域，防止宋军战船来援。
进攻台南的宋军从泉州出发之后，一路在澎湖登陆，一路直扑台南堡。澎湖虽然位置重要，但面积不大又不产粮食，故霹雳军只驻扎了一个团的正规军，另有一个团的基干民兵。这些基干民兵是水军，虽然平日也在训练，但主要是在捕鱼，对付小股海盗倒没有问题，但要与官军水军作战便力有不逮了，更何况此次官军船只数量如此庞大。故当黑压压宋军船只来袭之时，澎湖的霹雳军团长便令基干民兵撤离，自己领了正规军留在岛上。
霹雳军在澎湖港口附近有一个大型堡垒，岛上其余地方和附近的小岛上另有十余个岗哨和塔楼。在宋军船队来袭之前，这些地方的士兵便奉令撤回了主堡，来不及带不走的东西全部焚毁，包括四门沉重的要塞炮。这些旧炮自毁之后，将来把铜铁料回炉重铸，又可以铸成新火炮。流求与巴蜀的人流、物流联系颇为畅通，在得到了总部人材、技术的支持后，流求的火炮工艺得到了大幅提升，威力增加了不少。
宋军虽然数量众多，又有大量的攻城武器，也有不少火炮，但急切之间却也拿坚固的澎湖堡毫无办法。当然，如果不惜代价用命去填，攻城技术极为娴熟的宋军，倒也能拿下澎湖堡，毕竟守军只有一千五百人。有了蒲寿庚的教训，宋军决定用偏师对坚城利堡围而不打，只要将霹雳军守军钳住即可，主力则直扑后方。只要控制了腹地的兵工厂、屯垦点、矿山，即便霹雳军舰队回防也无可奈何。没有了后勤补给，舰队战力将会急剧下降。
进攻台南的宋军也是按照这个策略，在将台南堡围困之后往后方突进。只不过与进攻台中堡的宋军一样，他们也遭到了沿途屯垦点的顽强阻击。挡在前方的这些屯垦点，平民和粮草物资早已搬空，而守军在顽强抵抗之后，每每趁夜遁去。在地雷、火炮和火枪的阻击下，每拿下一个屯垦点，宋军都要死伤千人以上，而收获却寥寥无已。宋军虽然人数众多，但如果按这个消耗下去，用不了多久，便会伤亡过多而丧失进攻能力。
过了些时日，台北大军撤退和台中登陆宋军进退两难的消息传来，使得在台南的宋军也开始惶恐起来。正在此时，被征调而来的蒲寿庚等海商的战船偷偷溜走了。他们本被派在外围，警戒从南洋而来的霹雳军舰队。作为在海上讨生活的商人，他们消息十分灵通，预判也十分准确，颇有“春江水暖鸭先知”的预感。眼下流求南方虽然没有霹雳军舰队影子，但吃过大亏的他们却嗅察到危险的味道。
多米诺骨牌效应之下，不少宋军战船也开始纷纷逃跑。沿海制置司的水军本就不愿意与霹雳军为敌，加上陆上的进攻死伤惨重寸步难行，心中更无战意。投奔霹雳军的昔日同僚又偷偷送来不少书信，还在阵前齐声高喊曹植的那首七步诗：“煮豆燃豆萁，豆在釜中泣。本是同根生，相煎何太急？”，听者莫不动容。眼见情势如此，宋军主将只得下令退兵。实际上，退兵也是无奈之兴。由于腐败导致军纪涣散，宋军只能打顺风仗，一遇重挫或士气低落往往溃散甚至一败涂地。如果不退兵，一旦战事不利，局势将会变得更加糜烂。
宋军的进攻行动拖拖拉拉，但撤退却十分迅速，不到十日便从台南和澎湖回到了泉州。除了士卒厌战的原因外，也是因为得知了南洋的霹雳军舰队正在急速回援，这个消息来自蒲寿庚。他手下的商队在星岛发现霹雳军第二舰队在大规模补给，显然是在作远航的准备，便派了快船回来报信。霹雳军强大的主力舰队在锡兰，断不可能再派舰队往西，只可能是派往兵力空虚的流求。蒲寿庚得出这个结论后，当即召回了自己的船队，也将信息报告给了临安。
虽然蒲寿庚对霹雳军恶意满满，不仅纠结海盗攻打流求，还暗通齐亚德，怂恿大食和波斯海商与霹雳军为敌，甚至为他们通风报信，但鉴于其在大宋市舶司的官方身份，霹雳军并没有对其赶尽杀绝，而是允许其继续经营南洋贸易。作为交换，霹雳军的商船同样也可以在大宋沿海自由贸易。流求虽然糖产业利润极为丰厚，但与丝绸、茶、瓷器等大宗商品贸易相比，收入也不能相比。更何况从南洋运回来的货物和新大陆运回来的金银，也需要大宋这个庞大的市场才能消化掉。
就在宋军退回泉州的三日之后，余老挖率领的第二分舰队赶回了台南。眼见台南警讯解除，他派了一支偏师前往澎湖，自己则率主力前往台中。此时在台中登陆的五千宋军已经进退不得，陷入兵书上的死地了。由于海上补给线被切断，他们即将弹尽粮绝。他们也没有打下一个屯垦点，甚至还有被反推的危险，更没有“以战养战”的可能。在台北的危机解除之后，余柱紧急从台北调了一个团前往台中，使得台中的霹雳军陆上战力达到了一万余人，