回到新蜀州后，朱清立即投入了紧张的战后建设。特诺奇提特兰城带回来的那五万劳动力，被安置在了新蜀州周边的数十个临时营地之中。这些临时营地以后将成为新蜀州的卫星城镇。这些劳力将先设屯垦点，接下来则分别从事种植、伐木、采矿、修路、筑堡等工作。至于造船、冶炼等技术含量的工作，则需要较长时间的培训，才能成为探险队员的助手。
这五万人的管理，虽然繁琐但也并不困难。阿兹特克人极其信奉神明，对于神使的命令执行非常坚决，根本不需要监工，更不担心他们叛乱。如果没有血腥的人殉祭祀制度，阿兹特克人其实十分善良温顺，又吃苦耐劳，是优秀的建设者。他们的农业耕种技术十分先进，加之地峡一带光热资源丰富，盛产粮食作物，加之又有许多热带果类，故并不存在缺粮问题。
为了巩固治理效果，朱清又从军事政治经济文化上采取了一系列举措。在军事上，为了防止叛乱和内部争斗，他从各部落抽调了精壮武士，组成了一支千人的常备军。这支军队除了配备黑曜石武器外，还配备了少量的铁制刀矛，再加上严格的训练，其战力远超美洲虎和雄鹰战士。除此之外，战时新蜀州还可以征调各部落的土著士兵，以荡平敌对势力。
从政治上，新蜀州也赋于了各部族极大的自治权，还定期召集部族酋长议事，成立部族联盟会议。各部族之间发生矛盾，在自行协商不成的情况下，提交联盟会议进行裁决。除此之外，朱清还鼓励与各部族进行联姻，他自己便娶了最大部族的酋长女儿为妻。在他的带头示范下，其不少下属也娶了各部族酋长或长老之女。话说朱清虽然是个大老粗，却无师自通掌握了汉唐“和亲”的精髓，知道血缘能有效粘合政治关系。
在经济方面，朱清充分利用了铁器。铁制武器和农具比土著部落的石制刀斧和农具实在优越太多，被各个部族视为“神器”。只是探险队的铁器并不富余，根本满足不了热切的需求。为了拉拢亲善部族，也因为售卖铁器实在是暴利，朱清咬牙匀出了少量的工具和刀枪进行售卖，换得了大量的粮食、棉布和金银。除此之外，朱清又派人寻找铁矿，开始大规模土法炼铁，以争取生产更多的铁器。
在文化方面，随军的幕僚根椐“车同轨、书同文”精神，提出了从语言和文字着手的建议，朱清深以为然。阿兹特克帝国并没有文字，内有大小部落上千个，语言也有几百种，相互之间也往往鸡同鸭讲。只有汉语言和文字，才能成为通用语言和各部族的粘合剂。为此，朱清下令各部族选送聪明伶俐的青年到新蜀州，分批学习汉语和文字。他们学成之后，一部分留下协助管理，一部分成为各部落学习汉语的教师。
做完这一切之后，朱清便考虑派人返回流求之事。虽然流求派出的探险船队为数不少，但由于季风、洋流和风暴等因素，不少船只并没能如期抵达地峡。实际上，自从余福从新大陆返航，获得了巨大的荣誉和财富之后，不少探险船队对地峡的兴趣便下降了不少。眼下地峡北方的野牛大陆和南方的羊驼大陆才是探索的重点，甚至有探险队放弃了新大陆，转而前往南洋更南方，去探索欧阳轩草图上的袋鼠大陆。
朱清命人将两只状态最好的大船拖上岸进行修理，在修缮完毕后启程返回流求。除了清除船底的藤壶，更换船蛆蛀空的木头外，还要对船帆和船体破损部位进行修理。虽然现在已经有了成熟的海图，沿线也配套了补给点，但回到流求海上行程有上万里。准备的越充分，应对就越有底气。探险队的其余船只，在经过滔天恶浪之后，已不适合长途远航。况且新蜀州的发展和保卫，也需要大型船只，不宜全部返回。
三个月后，返回流求的船只启航了。两船除了操船的水手外，还有几十名土著，其中还包括阿兹特克贵族和几个部族的酋长。随船的物资则是新大陆的各种特产，特别农作物。随船的金银只有数万两，只占探险队所获金银的很小一部分。事实上，特诺奇提特兰城之战中缴获的黄金、白银和宝石数量众多，加上贸易所得的金银，足足堆满了新蜀州的几间库房。朱清之所以没有将这些金银运回流求，一方面是船舱有限的容量要优先装载食物、淡水、药品等必须物资。另一方面也是怕路途上不安全。
朱清没有带队返回流求，而是让人带回了一封长信。在信中，他详细介绍了探险队的经历，又向余柱提出了四个请求。第一个请求就是派船队来运输金银。这些财富实在太大，实在经不起损失。海上的风浪等意外是一方面，也会因消息走漏引起亡命之徒的铤而走险，进而在半途进行截杀。霹雳军的抗蒙事业对资金需求十分大，需要尽快运回。
第二个请求是派来工匠、教师、医生等技术人员。当下新蜀州最需要的是炼铁和工具、武器制作的人才。只要有了铁制的工具，必将促进生产效率呈几何级数增长。虽然新大陆人口因疫病的原因在下降，但其庞大的劳动力数量，将会促进各项建设的大规模开展。教师和医生的重要性不言而喻，朱清要求至少要各派五十名。
朱清的第三个请求是派来军队