眼见自己人惨死在刀斧之下，片刻之间连尸体都被分食一空，朱清胆寒压过了心中的愤怒。幸得多年海盗生涯练就的强悍心理，才没有让其当地崩溃。冷静分析之后，他决定撤退。出发时他带了五十人，在路途中病死了四人。剩下的四十六人中，还有十一人身患疾病，扣除照料人员之后，能投入战斗的只有不过三十人。这点人手即便有火器护身，也绝对不是参加血祭的数千阿兹特克人的对手。
经过长途跋涉之后，朱清一行回到了新蜀州。在路途中，随行人员又病死了六人。新大陆的地峡气侯与流求相似，朱清一行虽做了应对疫病的准备，但登陆半年以来仍然病死了近五十人。疾病已超过恶劣海况、食人部落和野兽，成为探险队员死亡最主要的原因。实际上，朱清一登陆，就花了大力气挖排水沟、建公厕，用白石灰刷墙刷屋，还清理垃圾、烧开水喝，为每个队员配毛巾。这些在流求通过验证的措施，能有效减少疾病的发生和死亡率。
疾病造成如此之高的死亡人数，原因既在于水土不服，也因为新大陆地峡的恶劣环境。海上长途航行使探险队员身体虚弱不堪，繁重的劳动又进一步加剧了这种情况，使得潜伏在身体内的病原体开始爆发，让体弱者纷纷病倒。新蜀州城一带气侯多变，时常是骄阳日晒和倾盆豪雨交替，加之遍布泥沼，孽生着大量的传播疫病的昆虫蚊蝇。虽然有随行医生的救治，仍有不少探险队员仍死于疾病之下。
探险队刚登陆时，新蜀州周边土著各部落对这些陌生外来者，部分报以敌视，部分态度友善，大部分则是怀着好奇心理。其中少数友善部落笃定，这些乘着漂浮房子的外来者，是其部落传说中的神。于是他们贡奉了大量的粮食和金银，还帮助探险队搭建房屋，让朱清一行渡过了最困难的时刻。大批土著劳动力的到来，让新蜀州的建设进度加快了不少，但也带来了麻烦。少数队员由于生活不检点等原因，在饥渴难捱之下，与当地土著妇女进行了深入浅出的交流。有的人在此过程中，患上了新大陆特有的性病。这种性病被随行的队医根据其特点和传播方式，恰如其分地命名为“花柳病”。
如果说本地疾病给探险队员造成的只是困扰的话，那么外来疾病则给土著部落造成了致命的打击。就在探险队登陆时，疫病已经横行肆虐于周边，使得各个土著部落人员纷纷病倒，有的部落人口甚至十不存一。这使得不少土著部落对朱清一行报以敌意，认为是他们带来了恶魔。疫病横行也让阿兹特克人也不敢轻易前来地峡，抓取俘虏和征收贡奉，这也是新蜀州能顺利完工的重要原因之一。
实际上在朱清带人登陆之前，有的土著部落便流行了疫病。这些疫病是余福或更前批的探险队员无意间带去的。朱清不知道的是，外来者带去的流感、天花、痢疾这些疾病，对新大陆的土著来说，简直是生化武器。他们与世隔绝数万年，身体免疫系统根本就无法抵抗这些疾病。在今后的岁月中，正是这些疫病让各个部落人口大减，有的部落甚至因此而灭族。
欧阳轩在给流求下达探索新大陆任务之初，便专门为探险队撰写了手册，其中的注意事项提到，要推广霹雳军的卫生防疫措施，尽可能帮助土著部落抵抗疾病。余福率领的探险队在新大陆只作了短暂停留，获得了土豆、番薯、玉米等植物之后便匆匆回航。在他之前的探险队，要么全军覆灭于食人族成了食物，要么葬身在丛林泥沼之中，根本来不及落实其理念。朱清登陆之后，倒是做好了探险队自身及友善部落的卫生防疫措施，对于其他土著部落却是无能为力。
消灭传染源、隔离病人、切断疾病传播途径这些措施，虽然并不能杜绝疫病的发生，却减缓了流行程度。加之探险队医熬制的中草药和科学精心的照料，将友善土著部落的疫病死亡率降到了三成左右。其他部落便没有这种好运了，死亡率往往在七成以上。特别是有些敌对土著部落，由于保留着食人的习俗，捕获分食了探险队的病弱者，直接吃进了病原体，死亡率在九成以上，甚至整个落部全部病亡，无一幸免。
在血祭现场见识过阿兹特克人的残忍，又目睹其庞大的武士的数量，朱清回到新蜀州的第一件事，便是加固城防。他先是派人召回了在附近海岸探索的船只，又下令增高堡墙，加深壕沟。眼下探险队员只剩下了三百余人，其中不少人是病号，有战斗力的只有两百余人。这两百人中，又有一半左右正在返回的船只上。守卫新蜀州的只有不足一百人，另有友善部落的数百名武士。这点人数，让朱清实在没有底气。
朱清决定固守新蜀州。除了等待流求后续探险队的到来外，他要借用时间打败阿兹特克人。在往返特诺奇提特兰城的过程中沿途袭击探险队的部落并不多，除了土著向导绕开了危险地段外，也因为大部分部落十分好奇这些外来者，只敢远远跟着。他还敏锐地发现，沿途的有些土著部落虽然窝棚数量极多，但活动人数却少。不少村落死气沉沉，显然也在流行疫病。朱清相信，阿兹特克帝国虽然强大，但疫病将会使逐渐虚弱。疫病流行的时间越久，其攻打新蜀州的可能性越低。